Trong một thế giới tràn ngập các món tráng miệng được nhân cách hóa (được tạo ra bởi các phù thủy sử dụng bột bánh quy và "Bột sự sống"), Năm Cookie cổ - White Lily Cookie, Dark Cacao Cookie, Pure Vanilla Cookie, Hollyberry Cookie, và Golden Cheese Cookie - đã tạo ra vương quốc của riêng họ và được trao tặng Soul Jams, đã ban cho họ sức mạnh đặc biệt và sự bất tử. Một ngày nọ, có một Cookie muốn biết về nguồn gốc và sự ra đời của bản thân chúng nên đã cố gắng liên lạc với các phù thủy để tìm kiếm câu trả lời. Khi biết được sự thật khủng khiếp rằng bánh quy là để ăn, nó đã rơi vào lớp bột cuối cùng và được "nướng lại" với tên gọi Dark Enchantress Cookie, người đã lên kế hoạch sử dụng Cake Monsters để tạo ra một trật tự thế giới mới. Pure Vanilla buộc phải phong ấn Dark Enchantress Cookie đi và khiến Ancient Cookies phải lẩn trốn, khiến vương quốc của họ rơi vào tình trạng hỗn loạn.

Một thời gian dài sau khi Dark Enchantress Cookie bị phong ấn, GingerBrave bị mụ phù thủy nướng và trốn thoát. Sau đó cậu biết được rằng những người bạn của mình là Wizard Cookie và Strawberry Cookie cũng đã trốn thoát khỏi mụ phù thủy. Họ được các Sugar Gnome tìm thấy và họ bắt đầu xây dựng lại một vương quốc đã bị lãng quên từ lâu và khám phá Earthbread - cùng một hành tinh hư cấu nơi mọi câu chuyện xảy ra trong sê-ri trò chơi Cookie Run.